El sitio arqueológico que conocemos actualmente como Caguana estuvo habitado por cerca de 300 años, desde alrededor del 1200 hasta cerca del 1500 de nuestra era, siendo abandonado luego de la conquista y colonización española. En 1915, se realizó la primera investigación arqueológica, dirigida por el Dr. John Alden Mason. En 1938, el arqueólogo Irving Rouse, de la Universidad de Yale, realizó nuevas excavaciones, produciendo importantes hallazgos. Posteriormente, el Dr. Ricardo E. Alegría, quien se convertiría en el primer director ejecutivo del Instituto de Cultura Puertorriqueña (ICP) excavó en el área entre 1949 y 1956.
El Parque Ceremonial Indígena de Caguana fue inaugurado en 1965 como sitio de yacimientos arqueológicos y lugar para la contemplación de los elementos culturales y naturales. Es administrado por el Programa de Museos y Parques del ICP.
