La exhibición Conquista y Colonización: nacimiento y evolución de la nación puertorriqueña consta de seis salas de exposición en las que se presentan diversos temas los cuales abarcan la llegada a la Isla de los españoles y el encuentro con la sociedad taína, los viajes de Colón, el desarrollo de la economía, la evangelización, la arquitectura, los ataques de los holandeses, franceses e ingleses a la Isla y la aportación de las culturas taína, africana y española a la sociedad puertorriqueña.
La sala culmina con un documental que presenta una línea del tiempo con acontecimientos relevantes tanto a nivel nacional como internacional que van desde el 1900 hasta 2015.
